RCNS實驗室在3月31日上午9:00-12:00舉行了2022年77779193永利官网第二期研究生論壇，RCNS全體成員和各位導師共同參加。在這次組會上，首先由2名研一學生和2名研二學生彙報自己的研究進展，然後老師與同學們對彙報内容進行學術探讨，并對存在的問題給出相應的指導和建議

木子淳（線上彙報）:本次彙報了一篇名為《Martini Coarse-Grained Force Field: Extension to DNA》的Martini 粗粒化DNA模型。該模型系統地參數化了一個可以與Martini力場兼容的DNA粗粒度(CG)模型。該模型将每個核苷酸映射為6到7個CG珠，并采取Martini力場的标準勢能函數（包括成鍵勢和非成鍵勢），通過計算PMF來獲得相應的堿基堆積勢以及堿基配對的氫鍵勢。以上的相互作用勢僅适合單鍊DNA (ssDNA)的原子模拟，對于雙鍊DNA (dsDNA)采取彈性網絡用于保留dsDNA和其他特定的DNA構象。本文提出的Martini DNA模型，展現了單個堿基、ssDNA和dsDNA以及DNA -蛋白質複合物的性質。該模型開創了模拟DNA與其他生物大分子相互作用的方法。

熊珍珍（線上彙報）:該文獻是考慮基因和細胞之間的關聯提出的基于協同矩陣分解的單細胞測序數據插補方法。該方法首先将所使用的數據集按照細胞标記的可信度分為金銀銅标準，接下來通過三個相似度度量：歐幾裡得距離，切比雪夫距離和皮爾遜相關系數，分别計算細胞相似性矩陣和基因相似性矩陣。CMF-Impute算法的目的，就是找出細胞特征矩陣和基因特征矩陣，使兩個特征矩陣的乘積最接近原始矩陣，以此重新定義基因表達矩陣，最終達到數據插補目的。

吳昊:本次彙報的文獻為《C2A：基于已知的全原子還原粗粒化RNA3D結構》。使用粗粒度方法對RNA 3D結構進行建模的方法不斷發展，需要在低分辨率和高分辨率建模方法之間架起橋梁。雖然粗粒度模型包含拓撲信息，但缺乏原子細節，這限制了它們在某些應用中的實用性。C2A可以使用任何基于原子的粗粒度結構模闆作為輸入，并提供一個全原子、能量最小化的結構作為輸出。利用RNA晶體結構的幾何信息來重建完整的原子細節，已經在70到244個殘基大小的分子的理想粗顆粒結構上，以及在NAST生成的每殘基一點粗顆粒tRNA模型上測試了C2A方法。除了提高粗粒度建模方法的實用性外，該工具還有潛力将計算成本高但精度高的全原子建模方法與快速但細節差的粗粒度建模方法聯系起來。

袁潔:在本次彙報中分享了一篇名為《Mechanism for the α-Helix to β-Hairpin Transition》的文獻，本文對α-Helex和β-Hairpin的轉換進行解析。富含α-Helix的蛋白質聚集成富含β-Hairpin的澱粉樣纖維，與一些緻命性疾病有關，本文主要對聚丙氨酸進行離散分子動力學模拟，根據在溫度、環境的改變下帶來的蛋白質結構狀态改變。采用Four-Bead Model簡化模型，從多角度分析β-發夾中間體的存在性，以及結構狀态改變的條件。

                             — 學生彙報照片展示 —