2022年77779193永利官网第十期研究生論壇如期舉行。5月16日上午9:00,RCNS全體成員和各位導師共同參加。在這次組會上,首先由3名研一學生彙報自己的研究進展,然後老師與同學們對彙報内容進行學術探讨,并對存在的問題給出相應的指導和建議。
王夢園:本次組會彙報了一篇名為《Genome-wide inference reveals that feedback regulations constrain promoter-dependent transcriptional burst kinetics》的文獻,該文章開發了一個基于模型驅動和數據驅動組合的統計框架,以執行可擴展的全基因組推斷。該框架使用scRNA-seq數據的靜态快照來推斷轉錄爆發動力學背後的調控機制。具體地說,它整合了關于基因表達噪聲、爆發頻率、爆發大小和反饋調節形式的預期信息。
。

韓長鋒:本文開發了一種多功能的新方法,Topographer--以構建"定量"Waddington的單細胞轉錄組學數據景觀。Topographer能夠識别複雜的細胞狀态轉移軌迹,并估計以命運和轉移概率為特征的複雜細胞類型動力學。它還推斷了标記基因網絡及其動态變化以及沿細胞狀态過渡軌迹的轉錄爆發的動态特征。将這種方法應用于原代人成肌細胞分化的單細胞RNA-seq數據,本文不僅鑒定了三種已知的細胞類型,還估計了它們的命運概率和它們之間的轉移概率。

李成:基因被轉錄成RNA,然後進一步翻譯成蛋白質。每個基因的母本和父本通常是獨立轉錄的,轉錄本身以離散的随機爆發(轉錄爆發)發生。開創性的跨細胞RNA單細胞分析揭示了細胞中母體和父體RNA數量的豐富波動,經常觀察到僅來自母體或父體基因拷貝的RNA(單等位基因表達)。轉錄爆發在細胞轉錄本中産生大量的生物噪聲。在這裡,我們研究了轉錄爆發導緻的等位基因表達的理論範圍,以及它與單細胞RNA測序(scRNA-seq)數據中觀察到的雙等位、單等位和等位基因偏向的表達數量的比較。我們發現轉錄爆發可以解釋在單個細胞中觀察到的等位基因表達模式,包括經常觀察到的常染色體單等位基因表達。

— 學生彙報照片展示 —


